Царь Петр, узнав об этом «происшествии», жутко испугавшись нового стрелецкого бунта, бежал в одних портах из своей подмосковной резиденции села Преображенского в Троице-Сергиев монастырь. В течение трех недель шло активное противостояние сторон, пока на сторону Петра не перешли сам патриарх Иоаким, большинство членов Боярской думы и ряд стрелецких полков, в том числе полки Василия Борисовича Бухвостова и Лаврентия Панкратьевича Сухарева.

В сентябре 1689 г. мятежная царевна Софья была лишена царского титула и под именем инокини Сусанны заточена в Новодевичий женский монастырь, где содержалась «под строгим караулом» до самой своей смерти в 1704 г. Окольничий Ф.Л. Шакловитый, который был инициатором произошедших событий, был обвинен в попытке государственного переворота и обезглавлен, а главу правительства князя В.В. Голицына со всем его семейством сослали в далекий Каргополь, где он и скончался в 1714 г.

В оценке стрелецких бунтов существуют две основных точки зрения. Целый ряд советских историков, например, профессор В.И. Буганов, автор известной монографии «Московские восстания конца XVII в.» (1969), считали их крупными антифеодальными движениями. Их оппоненты, в частности профессор Н.И. Павленко, автор знаменитой статьи «Об оценке стрелецкого восстания 1682 г.» (1971), категорически отрицали данную оценку и вполне резонно утверждали, что московские стрельцы стали разменной монетой в борьбе боярских группировок за власть, поэтому любая попытка представить стрелецкие бунты как социальные движения просто не выдерживает критики.

События августа — сентября 1689 г. знаменовали собой начало единодержавного правления Петра I (1689―1725), хотя формально еще несколько лет его равноправным соправителем оставался старший брат Иван V (1689–1696). Придя к власти, юный Петр отнюдь не погрузился в рутинные государственные дела. На первых порах все рычаги государственного управления были сосредоточены в руках нового правительства, куда вошли ближайшие родственники и сподвижники его матери и убиенного боярина А.С. Матвеева — бояре Л.К. Нарышкин, Б.А. Голицын, П.А. Лопухин, Т.Н. Стрешнев и другие. Сам же юный монарх практически все свое время проводил либо в Немецкой слободе (Кокуй) у своей зазнобы Анны Монc, либо в потехах со своими сверстниками и друзьями в царских селах Измайлово, Преображенское и других пригородах столицы. Постепенно из этой разношерстной и разновозрастной компании молодого царя сформируется знаменитая плеяда крупных государственных деятелей и ближайших сподвижников Петра: Александр Данилович Меншиков, Федор Матвеевич Апраксин, Франц Яковлевич Лефорт, Федор Юрьевич Ромодановский, Никита Иванович Репнин, Иван Иванович Бутурлин, Борис Иванович Куракин и многие другие.