Реальная власть в эти дни оказалась отнюдь не в руках новоиспеченной регентши, а в руках амбициозного князя И.А. Хованского, который, став новым главой Стрелецкого приказа, решил начать собственную игру. В течение трех месяцев царевна Софья и ее ближайшее окружение постоянно находились под угрозой нового стрелецкого бунта и «мятежа старообрядцев», с которыми стал активно заигрывать князь И.А. Хованский. После завершения теологического диспута патриарха Иоакима с одним из лидеров раскольников Никитой Пустосвятом регентша пошла на решительные действия и решила положить конец авантюрным планам главы Стрелецкого приказа. В августе 1682 г. под благовидным предлогом князь И.А. Хованский был вызван к государям в Троицкую обитель, но по дороге был схвачен боярином М.Б. Лыковым, обвинен в государственной измене и тут же обезглавлен.

После этих драматических событий реальная власть оказалась в руках Софьи и ее ближайшего окружения, где особую роль стали играть две персоны — ее фаворит, новый глава Посольского приказа князь Василий Васильевич Голицын и новый глава Стрелецкого приказа думный дьяк Федор Леонтьевич Шакловитый. В исторической науке до сих пор не прекращается спор о личности царевны Софьи и князя В.В. Голицына и их политической программе. Одни авторы (А. Кузьмин, А. Богданов), основываясь на «Записках о Московии» польского дипломата французского происхождения маркиза де ля Невилля, который был лично знаком и с самой Софьей, и с ее фаворитом, утверждают, что у них была целостная программа государственных реформ, которая предусматривала многие новации, в том числе отмену крепостного права. Их оппоненты (Н. Павленко, Е. Анисимов) отрицают этот факт и считают, что делать подобного рода выводы на основании всего одного источника, и то явно сомнительного происхождения, составленного «не выходя из кабинета» не самим де ля Невиллем, а плодовитым французским литератором Адрианом Байе, крайне опрометчиво.

Весь период регентства Софьи шла подспудная борьба за власть с ближайшим окружением Петра. Особенно обострилась она с января 1689 г., когда по настоянию своей матери Натальи Кирилловны Нарышкиной юный царевич Петр обвенчался на боярышне Евдокии Федоровне Лопухиной, в связи с чем приобрел статус совершеннолетнего и более не нуждался в опеке со стороны царевны Софьи. Поэтому по подсказке окольничего Ф.Л. Шакловитого в ход была запущена новая интрига против клана Нарышкиных, которая как две капли воды была схожа с интригой семилетней давности. В начале августа 1689 г. по приказу царевны Софьи четыре стрелецких полка, расквартированные в Москве, были введены на территорию Кремля.