В связи с кончиной бездетного царя остро встал вопрос о выборе его преемника. Юридические права на престол были на стороне следующего по старшинству царевича Ивана, родившегося в августе 1666 г. Но поскольку он тоже не отличался крепким здоровьем, да и здравым умом тоже, то по подсказке Льва Кирилловича Нарышкина и патриарха Иоакима бояре решили передать престол его сводному брату, царевичу Петру, матерью которого была вторая жена Алексея Михайловича, вдовствующая царица Наталья Кирилловна Нарышкина.

Согласно традиционной точке зрения (В. Соловьев, В. Ключевский, Н. Павленко, В. Буганов, А. Богданов) предстоящее вступление на престол развитого и смышленого не по годам царевича Петра, родившегося в мае 1672 г., вызвало резкое недовольство клана бояр Милославских, которые при подобном развитии событий, безусловно, теряли все свое прежнее влияние при дворе и реальную власть. Этим обстоятельством и решила воспользоваться энергичная царевна Софья, которая нашла опору не только среди Милославских, но и видных представителей знатнейших княжеских родов — В.В. Голицына и А.И. Хованского, болезненно воспринявших возвышение худородного клана Нарышкиных, тем более что сразу после кончины царя произошло совершенно беспрецедентное событие, когда юный Иван Кириллович Нарышкин не по годам был пожалован двумя высокими чинами — думного боярина и придворного оружничьего. Впрочем, ряд современных авторов (П. Седов, Л. Хьюз) полагают, что подобная трактовка тех событий является не вполне корректной, поскольку главную роль в стрелецком мятеже сыграли совершенно иные лица, не принадлежавшие к «партиям» Милославских и Нарышкиных.

Воспользовавшись накаленной обстановкой в среде московских стрельцов, которым за несколько месяцев не выплатили жалование, сторонники Милославских пустили слух, что Нарышкины уморили царевича Ивана, что и стало главным поводом для знаменитого стрелецкого бунта. 15 мая 1682 г. разъяренная толпа стрельцов во главе с князем Иваном Андреевичем Хованским ворвалась в Московский Кремль и учинила там кровавую расправу над сторонниками вдовствующей царицы и ее сына Петра. В результате этой бойни, продолжавшейся три дня, погибли многие члены Боярской думы, в том числе глава правительства боярин А.С. Матвеев, князья Ю.А. и М.Ю. Долгорукие, князь Г.Г. Ромодановский, бояре А.К. и И.К. Нарышкины, боярин И.М. Языков и другие. 23 мая 1682 г. под прямым давлением стрельцов Боярская дума и Освященный собор приняли «соломоново решение»: 1) соправителями государства становятся сводные братья Иван Алексеевич (1682–1696) и Петр Алексеевич (1682–1725); 2) до их совершеннолетия правительницей государства становится их старшая сестра Софья Алексеевна (1682―1689).