Профессор Ратцингер резко выступает против «спекулятивного использования тиранических идеологий». В 1969 г. конфликт Ратцингера с либеральными тюбингенскими богословами вынуждает его покинуть университет и вернуться в Баварию, где ему предоставляется должность в Регенсбургском университете. Там он становится деканом и вице-ректором, а впоследствии назначается главным богословским советником всех германских епископов.

В 1972 г. Йозеф Ратцингер вместе с Г.У. фон Бальтазаром, Анри де Любаком и другими основывает католический журнал «Communio» («Причастие»), посвященный вопросам богословия и культуры.

В 1977 г. Папа Павел VI возвел Ратцингера в степень кардинала. В 1980 г. Папа Иоанн Павел II назначает кардинала Ратцингера главой специального Совета по делам мирян, а затем предлагает пост главы Конгрегации по католическому образованию. Предложение не было случайным: видный богослов, деятельный служитель Церкви, Ратцингер получил широкую известность в церковных кругах еще тогда, когда занимал должность советника кардинала Йозефа Фрингса и принимал участие во Втором Ватиканском Соборе (1962–1965). Подготовленная Ратцингером для кардинала яркая речь, в которой были затронуты среди прочего внутренние проблемы курии и высказывалось суждение о том, что «неосхоластическая косность» Рима может оказаться препятствием на пути к новой Догматической Конституции, была встречена овацией, а ее положения были учтены в окончательной редакции этого программного документа Католической Церкви. Предложение Папы Иоанна Павла II требовало от Ратцингера покинуть университет и переехать из Мюнхена в Ватикан. Первоначально Ратцингер это предложение отклоняет, однако после серьезных колебаний 25 ноября 1981 г. принимает решение стать префектом Конгрегации вероучения. Он слагает с себя пасторские обязанности в Германии и переезжает в Ватикан.

В Ватикане Ратцингер становится главным советником Папы Иоанна Павла II по богословским вопросам. Его позиция по ряду вопросов определяла нередко официальную позицию Ватикана. После кончины Папы Иоанна Павла II Йозеф Ратцингер был избран по решению конклава, оглашенного 19 мая 2005 г., 265-м Папой Римским. Новоизбранный Папа взял себе имя Бенедикт XVI — в память о святом Бенедикте Нурсийском, покровителе Европы, и одновременно в память о своем знаменитом предшественнике, занимавшем Престол в 1914–1922 гг., Папе Бенедикте XV, который вошел в историю как «Папа-миротворец», пытавшийся всеми силами воспрепятствовать разворачиванию Первой мировой войны. Йозеф Ратцингер стал после многовекового перерыва восьмым «немецким» Папой: последним соотечественником Ратцингера, возведенным на папский Престол, был Папа Адриан VI, принявший высокий титул в 1522 г.