Малороссия де-факто разделилась на две части: гетманом Правобережной (польской) Малороссии стал переяславский полковник Павел Иванович Тетеря (1663―1665), которого затем сменил генеральный есаул Петр Дорофеевич Дорошенко (1663―1676), а гетманом Левобережной Малороссии был избран кошевой атаман Иван Мартынович Брюховецкий (1663—1668), которого позднее сменил черниговский полковник Демьян Игнатьевич Многогрешный (1668—1672). При этом вся гетманская верхушка и полковая старшина не только воевала друг с другом, но и вела активные боевые действия на польском, крымском и русском «фронтах».

В январе 1664 г. Ян Казимир предпринял последнее наступление на Левобережную Малороссию, но под Глуховом был разбит гетманом И.М. Брюховецким, который совершил удачный рейд на правый берег Днепра, где захватил Канев и Черкассы. В самой Польше часть шляхты подняла мятеж против Яна Казимира, и в этой ситуации Варшава предложила Москве начать мирные переговоры, которые завершились в январе 1667 г. подписанием Андрусовского перемирия на 13,5 лет. По условиям этого перемирия:

• Польша признавала за Россией смоленские, черниговские, стародубские и северские земли;

• Польша признавала за Москвой всю Левобережную Малороссию и Киев;

• Россия возвращала Польше все свои завоевания в Белоруссии и Литве;

• Запорожская Сечь переходила под совместное управление России и Польши «на общую их службу от наступающих басурманских сил»;

• обе стороны брали на себя обязательства оказать запорожским казакам военную помощь в случае нападения на их порубежные земли крымских татар.

Позднее, в 1686 г., когда османская угроза станет постоянной головной болью всей католической Европы, под давлением австрийского двора между Варшавой и Москвой будет подписан знаменитый «вечный мир», который де-юре закрепит все условия Андрусовского перемирия, ставшего поворотной вехой в истории многовековых и крайне непростых русско-польских отношений.

В настоящее время Андрусовское перемирие стало очень неоднозначно оцениваться в исторической науке. Например, все украинские самостийники считают, что, заключив это перемирие, Россия предательски нарушила все свои обязательства перед «украинской стороной» о совместной борьбе против панской Польши. В российской историографии это перемирие по-прежнему считают крупнейшей внешнеполитической победой русской дипломатии, в результате которой воссоединились исконные русские земли.