Прозоровский заключил со шведскими послами трехлетнее перемирие в Велиесаре, по которому Стокгольму передали все завоеванные земли в Прибалтике, что позднее будет закреплено в Кардисском мирном договоре, подписанным в июне 1661 г.

В начале 1659 г. крымско-шляхетская армия под командованием И.Е. Выговского и Магомет-Гирея нанесла крупное поражение русским войскам под Конотопом, где погибла лучшая часть поместной конницы во главе с князем А.Н. Трубецким. Однако вскоре против запорожского гетмана выступила Правобережная Малороссия, которую поддержали и в Левобережье. В результате И.Е. Выговский в панике бежал в Варшаву, а новым гетманом Запорожского войска был избран уманский полковник Иван Федорович Беспалый, которого уже через несколько месяцев сменил Юрий Богданович Хмельницкий — абсолютно бездарная и ничтожная личность, страдавшая хроническими запоями.

В современной исторической науке и украинской публицистике (Т. Яковлева, Н. Яковенко, О. Бузина) события на польской Украине, которые развернулись после смерти Б.М. Хмельницкого и продолжались ровно тридцать лет (1657—1687), традиционно именуют очень емким и предельно точным термином «Руина». Большинство этих авторов, в том числе сами украинские самостийники, справедливо характеризуют ее как гражданскую войну, которая имела катастрофические последствия для всех малороссийских земель. Хотя ряд современных кандидатов украинских наук категорически отрицает данную характеристику и утверждает, что это была либо украинская национальная революция (В. Смолий, В. Степанков), либо судьбоносная борьба за утверждение независимой казацкой державы (Т. Чухлиб, Ю. Мицик). Все эти оценки носят явно спекулятивный характер, и совершенно не согласуются с хорошо известными фактами, которые признавали даже такие столпы украинского сепаратизма, как Н.М. Костомаров и М.С. Грушевский."

"Активное участие в этой гражданской войне, которая носила абсолютно беспринципный характер борьбы за власть, приняли участие разные старшинские группировки запорожского казачества и малороссийской шляхты. Их возглавляли то гетман И.Е. Выговский (1657—1659), то гетман И.Ф. Беспалый (1659), то гетман Ю.Б. Хмельницкий (1660―1663), которые, постоянно нарушая все соглашения с Москвой, стали как политические проститутки метаться между Варшавой и Стамбулом, заключая с ними различные военные и политические союзы. В этой ситуации в 1662 г. в Москве был создан Малороссийский приказ, который возглавил боярин П.М. Салтыков, поскольку внутренняя ситуация в польской Украине фактически вышла из-под контроля очень слабой гетманской администрации. К концу 1663 г.