Кроме того, папа Иоанн XXIII требовал удаления из Праги давно отлученного от церкви Я. Гуса, и тот в декабре 1412 года по личной просьбе короля переехал в Козий городок. Но и в здешнем уединении он не прекращал своей деятельности, написал большую часть своих сочинений.

Германский император Сигизмунд, родной брат короля Вацлава IV, уговорил папу Иоанна XXIII созвать всеобщий церковный собор в Констанце. Я. Гус обрадовался приглашению на Собор: «Вот теперь-то перед всем Собором я расскажу, чему я учу, и все поймут, что учу я тому же, чему учил Христос с апостолами».

Но друзья испугались и стали отговаривать его от поездки, и впоследствии оказались правы. Приглашая Я. Гуса на Собор и даже дав ему «охранную грамоту», император лишь хотел завлечь его в западню. Перед отъездом Я. Гус, будто предчувствуя свою скорую кончину, обратился ко всем чехам с задушевным прощальным посланием, в котором просил молиться за него и выражал надежду на свидание — если не в Праге, то в загробной жизни. По дороге на встречу со своим проповедником выходили толпы народа, но и враги не дремали. Они заранее собрали против Я.  Гуса большой обвинительный материал и привезли с собой в Констанц много свидетелей.

Некоторое время Я. Гус пользовался в Констанце относительной свободой, на первых порах папа даже обещал взять его под свою защиту. Ученый все дни просиживал дома, готовясь к своему выступлению, и думал не о том, как будет защищаться, а о том, как бы заставить Собор признать его правду. Чтобы все католическое духовенство увидело те грехи, в которые впала церковь, и захотело бы исправить и очистить себя. Однако вскоре римский папа, чувствуя собственное непрочное положение, отказался от своих слов и даже содействовал аресту Я.

 Гуса. Великий проповедник был заключен в сырое и мрачное подземелье доминиканского монастыря. Рядом с тюрьмой находилась яма, куда стекались нечистоты; зловонный воздух поднимался от нее и шел прямо в камеру, и от сырости и вредного воздуха Я. Гус заболел. «У меня зубы болят, меня беспокоит кровохарканье, головные боли и каменная болезнь», — писал он друзьям.

В этой тюрьме Я. Гус чуть не умер, но враги не хотели его преждевременной смерти и добились перевода в другую камеру, где воздух был здоровее.

Он начал понемногу поправляться, хотя оставался еще таким слабым, что с трудом говорил. Но и тогда папа прислал к нему трех епископов, чтобы те допросили его. Епископы привели с собой 15 свидетелей, которые показывали против Я. Гуса; он просил, чтобы ему позволили выбрать защитника, на что ему отвечали, что у еретика не может быть никаких защитников. Ему даже не позволили ни о чем спросить «свидетелей»."

"Вскоре после допроса Я.