Реорганизацию претерпел и Военно-Морской Флот. Были укреплены управления и отделы Главного морского штаба. Флоты пополнялись новыми соединениями и кораблями, на Балтике началось строительство новых береговых укрепрайонов вооруженных 380 мм башенными орудиями от недостроенных линкоров. Началось строительство двух авиа несущих кораблей и массовое строительство быстроходных торпедных бронекатеров. Наконец то стали поступать первые, закупленные у англичан и американцев корабли, в том числе выкупленный у немцев крейсер Лютцов. Всё это приобретенное у империалистов разнообразное железо было сосредоточено на востоке и создавало основу нашей военно-морской мощи на Тихоокеанском оперативном направлении для противодействия Японии.

На равных противодействовать японскому флоту наши корабли всё ещё не могли, но с помощью авиации могли достаточно уверено противодействовать любым попыткам высадки японского десанта на наше восточное побережье.

Но самое главное, что уже встали на модернизацию в балтийские доки два наших старых линкора ""Марат"" и ""Октябрьская революция"". На огромные бронированные монстры начата установка радиолокационных станций метрового и дециметрового диапазонов, которые позволят обнаруживать морские цели на дальность до 80 км и воздушные цели — до 100 км, кроме того была значительно увеличена зенитная мощь кораблей за счет установки 30 мм автоматических пушек с наведением по радиоканалу и сдвоенных 12,7 мм зенитных автоматов.

Одновременно с реорганизацией армии и флота проходило организационное укрепление и техническое переоснащение пограничных войск и войск НКВД, которым отводилась важная роль в обороне советского государства.

Развертывание армии и флота потребовало увеличения численности командного, политического и инженерно-технического состава. Создавались новые и расширялись существовавшие военно-учебные заведения. Быстро росло число военных училищ. Только в 1939 г. было сформировано 42 новых военных училища и уже к сентябрю 1939 года в военно-учебных заведениях и на различных курсах обучалось свыше 300 тыс. слушателей и курсантов.

Реорганизация армии и флота, в частности переход войск на новые штаты, вызвала большую перестановку кадров.

Многие командиры среднего и старшего звеньев были повышены в должности или переведены на службу в технические рода войск. Попаданцы поднялись на два, а некоторые на три уровня по военной лестнице. Зинченко знал, что многие его сержанты с 23 ОМСБР после командирских курсов уже были назначены командирами рот, хотя сам Зинченко таких резких взлетов и не одобрял, но система подготовки офицерских кадров Красной армии откровенно хромала.