Зато известно, что летом 2002 года нескольким членам съемочной группы, в том числе Вигго Мортенсену, который сыграл Арагорна, а также исполнителям ролей Арвен и Фродо — Лив Тайлер и Элайе Вуду — пришлось возвратиться в Новую Зеландию, поскольку у Джексона «появились новые идеи». Джексон решил доснять несколько эпизодов сражений и романтических сцен. Возможно, именно тогда было принято решение, что любовный треугольник между Арвен, Арагорном и Эовин, на который в романе лишь слегка намекается, будет в фильме более ярко выраженным. «Больше страсти фильму не повредит» — так, вероятно, решил Джексон.

По сравнению с романом Толкиена в картине появился еще ряд изменений. Кульминацией фильма стала битва в Хелмском ущелье, а зловещая паучиха Шелоб была перенесена в последнюю часть, «Возвращение короля». Была дописана часть диалогов и эпизодов, связанных с путешествием Фродо, Сэма и Голлума по Мордору, а также с образом гондорского воина Фарамира, которого они встречают по пути.

Некоторое время под вопросом оставалось название фильма. После того как самолеты террористов из «Аль-Каиды» врезались один за другим в башни Всемирного торгового центра в Нью-Йорке, носившие любовное название «Близнецы», трудно было представить себе, что спустя год с небольшим на афишах будет крупно написано «Две Башни». В тот момент это название казалось кощунством. Продюсеры и Питер Джексон всерьез размышляли над сменой названия, а в Интернете даже появилось несколько сайтов, где сторонники переименования собирали подписи. Однако в результате было решено ничего не менять. По словам Джексона, он опасался, что в противном случае фанаты Толкиена просто не оставят его в живых.

Как и в романе, вторая часть «Властелина Колец» состоит из двух основных частей — путешествия Фродо и Сэма к Мордору в сопровождении Голлума и сражений, в которых участвуют остальные члены распавшегося Братства Кольца. Героям приходится продемонстрировать новые качества. Гэндальф (Йан Маккеллен) появляется в новом обличье, превратившись из Гэндальфа Серого в Гэндальфа Белого, который стал мудрее, просветленнее и моложе духом. Актер заметил, что играть было интереснее Гэндальфа Серого: «Он более сложный персонаж. У него есть сила, целеустремленность, мудрость, щедрость и страсть. Но в то же время он очень земной, любит поесть и попить, выкурить трубку и посмеяться. Когда он возвращается, у него больше нет сомнений: он знает, что надо делать, встает и делает». Эльф Леголас также становится настоящим бойцом и выполняет один трюк за другим. В ходе предпремьерных интервью выяснилось, кстати, что актер Орландо Блум не слишком осторожен и в жизни.