Но после войны, когда резко повысился их авторитет, его недоверие к высшим военачальникам выросло многократно. МГБ начал сбор компрометирующих материалов на многих видных полководцев минувшей войны, включая легендарного Г. К. Жукова. Боязнь влияния Запада заставляет Сталина в первые послевоенные дни создать 100 фильтрационных лагерей для размещения бывших военнопленных и репатриируемых советских граждан. Формальной целью их создания был отсев возможных предателей и шпионов. Из 1,95 миллиона человек, прошедших проверку в этих пунктах, около 900 тысяч угодили в сталинские лагеря.

В начале 1946 г. были арестованы главнокомандующий ВВС Главный маршал авиации А. А. Новиков и командующий 12-й воздушной армией С. А. Худяков. Они были обвинены в том, что «протаскивали в годы войны на вооружение заведомо бракованные самолеты и моторы, что приводило к большому количеству катастроф и гибели летчиков». И хотя следствие не располагало никакими другими материалами, кроме самооговоров арестованных, они были признаны виновными. Летом этого же года маршал Жуков был освобожден от должности главнокомандующего сухопутными войсками и назначен командующим второстепенного Одесского военного округа. Акции против военных преследовали и другую, не менее важную для Сталина, цель. Вождь, играя на противоречиях между своими соратниками, в очередной раз меняет конфигурацию власти. Дело авиаторов было использовано Сталиным для временного отстранения с высоких постов Берии и Маленкова и одновременного возвышения в начале 1946 г. группы ленинградцев. Андрей Жданов получает полномочия, почти равные сталинским. Руководящая «шестерка» Политбюро пополняется председателем Госплана ленинградцем Н. А. Вознесенским и становится «семеркой». Работавший до этого первым секретарем Ленинградского обкома А. А. Кузнецов стал новым куратором органов государственной безопасности. Обострившаяся борьба за власть двух блоков в окружении Сталина на протяжении 1945–1949 гг. — Жданова и Кузнецова, с одной стороны, и Маленкова и Берии — с другой — одно из наиболее ярких проявлений предкризисного состояния режима. Сталин умело манипулировал соперничающими группировками, но и они, в свою очередь, использовали недоверие и подозрительность вождя в своих целях. А все вместе это создавало в стране атмосферу напряженности и нестабильности. Стремление Сталина укрепить свой международный авторитет заставляет его рядиться в тогу защитника демократии, якобы утраченной западными режимами. В первую очередь по этой причине ленинградская команда в 1946–1949 гг.