Был сформирован главный штаб во главе с начальником внутренних войск НКВД Прибалтийского военного округа генерал-майором Андреем Сидоровичем Головко. Он координировал деятельность НКВД по уничтожению «лесных братьев» с командованием соединений и частей Красной армии, дислоцированных на территории Литвы. Всю территорию Литовской Советской Социалистической Республики в штабе разделили на девять оперативных секторов, и операции планировались отдельно по каждому сектору. В целях организации и проведения совместных операций и контроля за служебно-боевой деятельностью войск были назначены старшие войсковые начальники.

Непосредственными начальниками оперативных секторов являлись офицеры госбезопасности и НКВД. То есть воевать начали уже по всем правилам.

Сегодня в Литве пишут, что они сражались не с Красной армией, а исключительно с отрядами НКВД, но это неправда. Нападали они в том числе и на армейские подразделения. Вот противостояли им исключительно части Наркомата внутренних дел, именно они несли главную нагрузку в ходе проведения операций против повстанцев.

Части Красной армии выполняли, как правило, вспомогательные функции, обычно их привлекали для блокирования районов боевых действий.

Советское командование тогда разработало тактику «Каменный казак», это означало, что по всей территории Литвы начали проводиться контрпартизанские операции. В республику для этого дополнительно прибыли 113-й, 115-й и 116-й пограничные полки. Словосочетание «пограничные полки» не должно никого вводить в заблуждение, на тот момент они тоже относились к структуре Народного комиссариата внутренних дел.

28 декабря 1944 г. был убит командующий Литовской освободительной армией Казис Веверскис.

Его пост занял лейтенант Адольфас Айдимтас-Зибартас. К февралю 1945 г. в боях с частями Красной армии и НКВД погибло 4045 «лесных братьев». В свою очередь, советские войска потеряли убитыми 151 человека. Но, заметим, к апрелю 1945 года в составе Литовской освободительной армии насчитывалось уже около 30 000 активных бойцов. Это очень много. Для примера: войска Комитета освобождения народов России, которые мы традиционно называем власовской армией, в феврале 1945 года, буквально на пике своего существования, насчитывали порядка 20 000–25 000 солдат.

В Литве в освободительной армии – 30 000. Это именно те, кто с оружием в руках сражался против НКВД и Красной армии. В эту цифру не включаются люди, которые не воевали напрямую, а оказывали помощь и поддержку партизанам. Таких было еще больше. То есть на самом деле общая численность борцов с советской властью была куда значительней, чем отраженная в сводках.

4 апреля 1945 г. был арестован командующий Литовской освободительной армией Адольфас Айдимтас. 18 февраля 1946 г. его расстреляли.