У пермян не было письменности, и Стефан создал особую пермскую азбуку, взяв за основу не русский и не греческий алфавит, а исконно пермские знаки родовой и семейной принадлежности — «пасы» Такие пасы до сих пор встречаются в народных орнаментах коми — в вышивке, ткачестве, деревянной резьбе.

По словам Епифания, Стефан «вельми печаловался» о том, что пермяне, будучи, как и все люди, сотворены Богом, поклоняются идолам, приносят им жертвы и верят «в чарование и в кудесы».

Система языческих верований племен, населявших Пермские земли, была очень развитой и сложной.

На территории Пермской земли археологами обнаружены остатки более тридцати языческих святилищ и множество бронзовых и железных фигурок, относящихся ко времени с VIII века до н. э. по VII век новой эры, изображающих священных животных и птиц, фантастических человеко-лосей, птиц с человеческими ликами, крылатых псов. Фигурки эти исполнены такой художественной силы и выразительности, что искусствоведы выделяют их в особый «пермский звериный стиль».

Стефан испросил у наместника московского митрополита благословения и отправился с христианской проповедью к язычникам.

Поначалу пермяне встретили Стефана недоверчиво и даже враждебно, чинили ему всяческое «хуление, укорение, досаждение, поношение и пакость», однажды обступили его «с ослопы, смерть ему нанести хотяше», в другой раз обложили сухой соломой, «умысливша огнем немилостиво в смерть вогнать его».

Епифаний Премудрый не рассказывает, каким образом удалось Стефану выйти живым из этих критических ситуаций. Возможно, миролюбивые по натуре пермяне были обезоружены неизменной кротостью Стефана. Епифаний вкладывает в их уста рассуждение о том, что если бы Стефан первым «дерзнул творити начало бьения», то его бы растерзали, но поскольку он «долготерпелив», они не знают, что можно «сотворити ему».

Постепенно мужество и добросердечие Стефана привлекли к нему сердца пермян. Они поверили в его благие намерения, стали слушать его проповеди, и некоторые согласились принять крещение. Так среди пермян появились первые христиане.

В Усть-Выми, месте, где река Вымь впадает в Вычегду, Стефан построил первую в Пермской земле христианскую церковь — «высоку и хорошу, красну и добру, чюдну вправду и дивну».

Красота этой церкви немало способствовала делу обращения пермян в христианство. Некрещеные пермяне приходили к ней вместе с принявшими христианство «не молитвы ради, но видети хотяше красоты здания церковного». Любуясь церковью, они слушали проповеди Стефана и постепенно тоже проникались христианским духом.

Стефан полагал, что для успешного насаждения христианства необходимо уничтожить все принадлежности языческого культа. И он принялся разрушать древние языческие святилища.