Стефан родился около 1345 года в семье дьячка в городе Великом Устюге, там, где северо-русские земли соседствуют с Пермью. Отец Стефана был русским, а мать происходила из Перми, поэтому Стефан с детства знал пермский язык и мог общаться с пермянами (так называли тогда народ коми), которые нередко приезжали в Устюг Великий из своей лесной стороны, привозя на продажу меха.

Семи лет Стефан начал учиться грамоте. Обладая острым умом и хорошей памятью, он легко освоил книжную премудрость и пристрастился к чтению.

Когда Стефану было двадцать лет, он постригся в монахи.

Автор «Жития Стефана Пермского» Епифаний Премудрый утверждает, что Стефан ушел в монастырь, потому что уже в ранней юности понял тщету жизни — «житие света сего маловременное и скороминующее, и мимоходящее, аки речная быстрина, или аки травный цвет».

Однако, скорее всего, Стефан руководствовался не мыслью о тщете земного бытия, а стремлением к познанию. Монастыри в то время были центрами культуры, а многие монахи — образованными, «книжными» людьми.

Стефан принял постриг в монастыре Григория Богослова в Ростове Великом.

Епифаний Премудрый пишет, что Стефан избрал именно этот монастырь, потому что там была очень хорошая библиотека: «много книг ему на потребу прочтения ради».

В монастыре Стефан усердно пополнял свои знания — изучил греческий язык, много и вдумчиво читал, «умедливая» чтение, чтобы «до конца поистине уразуметь» прочитанное, размышлял, беседовал с учеными старцами, становясь им «совопросником и собеседником». Он подружился с монахом того же монастыря Епифанием, своим ровесником, и таким же любителем учености.

Они подолгу спорили по различным философским и богословским вопросам, причем Епифаний, по его собственным словам, нередко бывал «досадителем» Стефану.

(Впоследствии Епифаний получил прозвание Премудрого, стал известным писателем, автором многих произведений, в том числе, как уже было сказано, «Жития Стефана Пермского».) В свободное от молитв время монахи обычно занимались каким-нибудь ремеслом. Стефан стал переписчиком книг, писал «гораздо и борзо», а кроме того, освоил иконописное дело.

Благочестие, трудолюбие, незаурядные способности снискали Стефану известность и среди монахов, и среди мирян.

Через некоторое время он был произведен в дьяконы, потом в священники. Перед ним открывалась церковная карьера.

Однако Стефан стремился к подвижнической и просветительской деятельности. Он решил покинуть монастырь и отправиться в Пермскую землю — глухой, лесной край, населенный языческими племенами, чтобы проповедовать там христианскую веру.

Стефан понимал, что для просвещения пермян нужны книги на пермском языке.