Эти изменения отразились в целовании креста уже царевичу Алексею Алексеевичу, что при здравствующем государе выглядело вызывающе. Тем самым идеология борьбы против бояр заметно уточняется — за царевича и за Степана Разина.

Причём именно первые двое как бы узаконивали восстание. Говорили, что разинские отряды сопровождают два судна: на одном, выложенном изнутри красным бархатом, находился «умерший» царевич, а на другом, украшенном чёрным бархатом, — опальный патриарх. Разумеется, никакого Никона восставшие предъявить не могли, а вот что касается царевича, то при Разине действительно состоял подросток — сын кабардинского мурзы, подобранный в Астрахани; его крестили и обучали грамоте.

Боевым кличем повстанцев было «Нечай», то есть символическое прозвище «царевича», означавшее «неожиданно появившийся».

В Москве уже осознали, что ситуация становится угрожающей, а потому объявили всеобщую мобилизацию столичного дворянства и боярства, дабы дать отпор наступающей «голытьбе». На новый год — 1 сентября 1670 года — собранное войско с помпой вышло из Москвы. Присутствовавший при этом иностранец описывал роскошь одежд, конского снаряжения этих «спасителей Отечества».

Они устремились к Симбирску, который с начала сентября осадил Разин. Здесь развернулись уже по-настоящему острые вооружённые столкновения, воевода боярин И. Милославский держал оборону города. Отсюда открывался путь в центральные уезды страны, поэтому правительственные войска под командованием князя Ю. Барятинского спешили сюда на помощь.

Противостоять объединённым силам Разин уже не смог и отступил, потеряв много людей. Бои продолжались в Нижегородском уезде, но удача отвернулась от атамана.

Несмотря на взятие Макарьевского Желтоводского монастыря, что удалось с помощью местных крестьян, крупное поражение последовало под Арзамасом. Там было казнено около одиннадцати тысяч разинцев. Примечательно, когда в Поволжье полыхала самая настоящая война, брат Разина Фрол по Дону направился к малороссийским землям в надежде перенести борьбу на Слободскую Украину. Однако это оказалось тщетным: полковник И. Дзинковский, служивший царю, соблазнился было на разинские посулы, но местное население поднять не смог.

Разина пленили на Дону, куда он ушёл набираться сил. Следствие вёл приближённый царя А. Матвеев, а вопросы составлял сам государь. Казнь через четвертование состоялась 6 июня 1671 года. Когда правительство официально оповещало всех, что с Разиным покончено, то первыми в списке проинформированных значилась украинская верхушка в лице гетмана Д. Многогрешного, архиепископа Л. Барановича, архимандрита И. Гизеля. Их успокаивали: курс на сближение с Украиной, а значит, и плоды церковной реформы вне опасности.