Оттуда потоком лилась пропаганда против церковных новшеств, раздавались призывы сжигать новые книги, ломать четырёхконечные кресты, кои называли латинским крыжем, уничтожать даже утварь с их изображением. Вместо царя и патриарха начали молиться за здравие православных архиепископов, то есть за тех, кто не принял реформу. Осаждённые также впервые ввели не только религиозные, но и бытовые разграничения между «верными» и «неверными», вплоть до выделения последним особой посуды. Требовали перекрещивать греков и киевлян, а находившихся в монастыре ссыльных украинцев изолировали от остальных.

Разочарование итогами Большого собора дало толчок к формированию беспоповской идеологии, превратившейся затем в ведущий народный религиозный тренд. Её начала были разработаны одним из книжников Соловков Герасимом Фирсовым. В своём «Трактате о двуперстии» он заключил: если духовные наставники погрешат против веры и будут прельщать ересями, то это не пастыри, а лжеучителя, противопоставляющие себя христианским идеалам благолепия. Вину за смущение церкви Фирсов полностью возлагал на верховных иерархов, а также на тех священников, которые не проявили решимости в отторжении зла.

Как установили специалисты, беспоповская практика постепенно утверждается в монастыре: чтение текстов перешло от священников к верующим, последовали изменения в исповеди, в погребальном обряде и т. д.

Несложно понять, что всё происходящее вызывало у властей не только раздражение, но и серьёзную тревогу. Соловецкий мятеж, учитывая поддержку населения, мог длиться долго. Поэтому ликвидация этого очага смуты превращается в неотложную задачу правительства.

В сентябре 1673 года от командования осадой отстраняются воеводы Волохов, а затем Иевлев, чьи действия признаны неэффективными. На смену им приходит новое руководство в лице И. Мещеринова, хотя в действительности его фамилия была Мещерский. Этот персонаж был преисполнен решительности и жестокости по отношению к восставшим. Численность войска увеличивается в два раза за счёт стрельцов из других регионов.

Боевые действия разворачиваются теперь по всем правилам военного искусства.

Мещерский приказывает спустить часть воды из озёр, расположенных у монастыря, чтобы обмелить колодцы. При обстреле применяет зажигательные ядра, возводит срубы на уровне стен для проведения атак, начинает рыть несколько подкопов под башни. Активизация осады приводит к брожению среди оборонявшихся, некоторые предлагают свернуть сопротивление, начинаются побеги. Массированный штурм в конце декабря 1673 года восставшие смогли выдержать, но после него боевой настрой заметно упал.