В признанном духовном центре — хранителе благочестия — критически отнеслись к церковным новшествам, заявленным собором 1654 года. Неприятие усилил тот факт, что их инициатором выступил Никон. Его здесь очень хорошо знали, поскольку до избрания патриархом тот с 1649 года возглавлял Новгородскую епархию, в ведении коей находился монастырь. Никон сразу предпринял атаку, пытаясь урезать давние привилегии Соловков. Принадлежность к кругу, заправлявшему на тот момент церковной жизнью, позволила ему получить право суда в обители, ранее неподсудной Новгородскому митрополиту.

Кроме того, из монастырской библиотеки изъяли некоторые книги и ценности, что породило резкое недовольство.

Репутация Никона среди многочисленной братии, мягко говоря, оставляла желать лучшего, а потому неприятие преобразований, провозглашённых под его эгидой, легло на хорошо подготовленную почву. Было решено проигнорировать московские указания, ничего не изменяя в богослужебной практике. Кроме того, монастырь вскоре посетил Иван Неронов, превратившийся в одного из главных оппонентов церковной реформы: ему устроили торжественную встречу, что не осталось незамеченным в столице.

Первые новопечатные книги (служебники, скрижали и другие) доставили на Соловки лишь к 1657 году, но там наотрез отказались их использовать. Последовавшее вскоре удаление Никона восприняли как хороший знак, тем более что власти решили действовать осмотрительно и не оказывать прямого давления на монастырь. Был выбран другой путь: в это время скончался прежний настоятель обители, и на его место утвердили избранного братией архимандрита Варфоломея. Перед ним и поставили задачу аккуратно, постепенно перейти на исправленные книги. Варфоломей взялся это реализовывать, чем быстро нажил немало врагов; тем не менее он сумел сколотить небольшую так называемую промосковскую партию, изъявлявшую готовность развернуться в сторону новых обрядов. Время до Большого собора 1666–1667 годов протекло в позиционной борьбе между враждовавшими группами.

Подчеркнём: противники реформы в монастыре питали надежды, что предстоящий собор может отменить ненавистные никоновские новины. Отправившегося туда настоятеля снабдили соответствующей челобитной, где обстоятельно изложили все доводы в пользу старой практики.

Причём Варфоломей, отправляясь в путь, «забыл» взять послание, и его нагнали с ним уже у Вологды. Однако тот, проявляя осторожность, не торопился оглашать петицию в Москве. И как выяснилось, не напрасно: собор планировал устроить судилище старообрядчеству с целым букетом обвинений и проклятий. Вовремя сориентировавшись, Варфоломей предъявил челобитную уже как улику против оппозиции в Соловках.