Сговорившись с прочими, оба они отправили донос исправлявшему патриаршие обязанности крутицкому митрополиту Ионе — человеку также мало сведущему в подобных делах. В доносе было сказано, что архимандрит-справщик «Святаго Духа не исповедует, яко огнь есть». Иона потребовал обвиняемых к допросу к себе на Крутицы, с бесчестием и позором, как еретиков, а потом допрашивали в Вознесенском монастыре в кельях матери царя Марфы Ивановны. Позорили архимандрита тем, что водили на допрос нарочно в праздничные и базарные дни пешком и в рубище или верхом на кляче и без седла, в цепях. Мало того: подучали уличных бродяг бросать в страдальца песком, калом и грязью за то, что он-де хочет вывести огонь со света. Дионисий все это кротко терпел, с веселым видом, а товарищи его на соборе при допросах «слюнами глаза запрыскивали тем, которые с ними спорили». Несмотря на все эти споры и перенесенные поругания, праведного Дионисия заключили в курной и угарной избе Новоспасского монастыря, кормили в проголодь и, когда вздумается, сажали на цепь, заставляли каждодневно класть по тысяче поклонов. В конце порешили обвиненного в ереси навечно заточить в Кирилло-белозерском монастыре и только за бездорожьем приостановились исполнением указа. В это время вернулся из польского плена царский родитель Филарет патриархом, взял сторону Дионисия и оправдал его тем, что навел справку у всех вселенских патриархов в их требниках. Местная и мелкая церковная смута затихла. Исправление книг продолжалось без помехи, а роковое слово приказано уничтожить и не говорить. Чтоб старый поп не натыкался, а бойкий и грамотный не набегал на это слово, — указано его замазать (пишущему эти строки доводилось в архангельских церквах видеть это слово в книгах дониконовской печати заклеенным бумажкой).

Указ исполнили. Описывали между прочими нижегородские десятины Костромского уезда, юрода Кинешмы и Кинешемского уезда поповские старосты (т. е. благочинные): «привез Воскресенский поп Стефан Дементьев с посаду и из уезду десять служебников печатных, да служебник письменной, да потребник печатной. Что приложено в них было прилог «огня» в водосвящение богоявленский воды в молитве: Сам и ныне Владыко, освятив воду сию Духом твоим святым, а прилог огня в том в одном месте в них замазали». И такие операции произвели в 12 случаях (см. «Русская Историческая Библиотека», изд. археологическою комиссиею, т. 2, Спб., 1876 г., под № 221).