Совершенно иначе Йоханан Гиркан отнесся к самаритянам – потомкам израильтян из племен Эфраим и Менаше (Манассия), которые частично смешались с переселенцами из Сирии и Месопотамии. Здесь он удовлетворился лишь разрушением их храма на горе Гаризим, который служил им альтернативой Иерусалимскому Храму. Несмотря на разницу в традициях, обрядах и священных книгах, самаритяне придерживались того же еврейского монотеизма, что и иудеи.

В конце правления Йоханана Гиркана его сыновья Аристобул и Антигон сумели отвоевать у Селевкидов южную часть Галилеи и эллинистический город Скитополь (израильский Бет-Шеан). Завоевание эллинистических городов проходило всегда сложнее. Солдаты и чиновники, которых поселили там сначала Птолемеи, а потом Селевкиды, оказывали ожесточенное сопротивление иудейской армии и пользовались военной и политической поддержкой эллинистических царств. Например, в Идумее труднее всего оказалось завоевать эллинистические Марешу и Адорайим, эти два бывших иудейских города были превращены греками в форпосты эллинистического язычества в южной Палестине.

Йоханан Гиркан проводил активную внешнюю политику. Подобно своему отцу Симону, он старался поддерживать дружбу и союз с Римской республикой – врагом селевкидской Сирии. Вместе с тем он использовал противоречия между селевкидской Сирией и птолемеевским Египтом, а также распри внутри правивших там династий. Все это позволило ему присоединить к Иудее территории, где преобладало еврейское население, и в то же время избежать серьезных столкновений с этими эллинистическими царствами. Однако многие исконные еврейские области, принадлежавшие раньше Израильскому царству – Галилея, северное и центральное Заиорданье, часть средиземноморского побережья, – оставались еще под властью селевкидской Сирии и птолемеевского Египта. Их освобождение уже выпало на долю сыновей Йоханана Гиркана.

В целом правление Йоханана Гиркана было весьма успешным. Вот как оценивает его еврейский историк I века н. э. Иосиф Флавий: «Являясь в течение тридцати одного года образцом примерного правителя, он умер, оставив после себя пять сыновей и удостоившись от Господа Бога трех величайших благ: властвования над своим народом, первосвященнического достоинства и дара прорицания» (Флавий, Иуд. древн., XIII, 10, 7).

Йоханан Гиркан, будучи человеком мудрым и дальновидным, завещал правление страной своей жене, а пост первосвященника – старшему сыну Аристобулу. Тем самым он разделил светскую и религиозную власть между членами своей семьи, полагая, что это поможет сгладить конфликт с влиятельными в народе фарисеями, но оставить контроль над Иудеей в руках Хасмонейской династии. Однако жизнь распорядилась иначе.