Уже через три года армия Йоханана Гиркана принимает участие в совместном с Антиохом походе против парфян. Селевкиды настолько высоко ценили боевые качества своих иудейских союзников, что, как свидетельствует Николай Дамасский, несмотря на сильную спешку, были готовы ждать два дня, пока еврейские воины соблюдали субботу и иудейский праздник, в течение которых они не могли продолжать путь (Флавий, Иуд. древн., XIII, 7, 4). Совместная военная кампания завершилась полным успехом и привела к освобождению Месопотамии от парфян. Окрыленный победой Антиох в 129 г. до н. э. предпринял еще один поход против Парфии, на этот раз уже без армии Йоханана Гиркана. Однако новая военная кампания оказалась для него роковой: греко-сирийское войско было почти полностью уничтожено, а сам Антиох погиб. В результате этого поражения Селевкиды потеряли все территории к востоку от Евфрата, а их некогда могущественная и обширная империя превратилась в сравнительно небольшое царство – селевкидскую Сирию. Более того, внутри ее началась хроническая война за власть между претендентами на царский престол. С этого времени селевкидская Сирия уже не представляла серьезной угрозы для независимой Иудеи и Йоханан Гиркан приступил к освобождению исконных еврейских территорий, находившихся еще под властью Селевкидов.

Сначала он овладел Медавою – районом Заиорданья, прилегавшего к восточному берегу Мертвого моря. Со времен судей (XII–XI вв. до н. э.) эта область принадлежала южному древнееврейскому племени Реувен (Рувим), а затем стала частью Израильского царства. Вторым объектом наступления Йоханана Гиркана стала Самария, известная прежде как удел главного израильского племени Эфраим (Ефрем). И, наконец, третьим направлением его походов стала Идумея, страна эдомитян, ближайших родственников иудеев. Этот народ, представлявший во времена патриархов Авраама и Исаака одно целое с древними евреями, жил раньше в юго-восточном Заиорданье, в Эдоме, но, будучи вытеснен оттуда кочевниками-набатейцами, занял в VI–V веках до н. э. территорию Южной Иудеи. С тех пор за эдомитянами закрепилось новое имя – идумеи. Переселение идумеев стало возможным из-за опустошения Иудеи вавилонянами в 587 г. до н. э. и увода в плен части иудеев. Так южная Иудея стала Идумеей. Если в этническом отношении идумеи являлись фактически тем же народом, что и иудеи, то в религиозном плане они были язычниками. Завоевав Идумею, то есть южную Иудею, Йоханан Гиркан поставил ее народ перед выбором: либо принять еврейский монотеизм, либо уйти из южной Иудеи. Идумеи выбрали первое и с тех пор стали полноценными иудеями.