В 1924 году при нем был организован Кружок юных биологов зоопарка – знаменитый КЮБЗ – который дал нашей стране несколько поколений известнейших биологов, натуралистов, художников-анималистов. КЮБЗовцами были А. П. Кузякин, С. К. Клумов, А. М. Чельцов-Бебутов, Н. Н. Воронцов, А. Н. Яблоков и многие другие. Руководил кружком П. А. Мантейфель, в его создании принимал участие П. П. Смолин.

Отметим, что по примеру Москвы и в других городах СССР стали открываться зоопарки. Однако Московский зоопарк все равно оставался самым большим в стране – он располагался на 22 гектарах земли. Для сравнения (данные 1941 года): Алма-Атинский зоопарк – 19,5 га, Ростовский зоопарк – 14 га, Ленинградский и Казанский по 4,5 га, остальные – до двух га.

Даже в тяжелейшие годы войны Московский зоопарк продолжал функционировать, не закрываясь ни на день: сюда приходили дети, военные, уходившие на фронт, и пациенты госпиталей. Работники зоопарка бесстрашно защищали и успокаивали животных, гасили зажигательные бомбы, дежурили в зоопарке дни и ночи. Однажды во время налета на Москву на территорию зоопарка было сброшено более 500 зажигательных бомб и более 10 фугасных. Известна история, когда супруги Закусилло остались с животными, хотя видели, как загорелся от зажигательной бомбы их дом (многие сотрудники тогда жили на территории зоопарка). Во время войны животные даже размножались, например, родился бегемот Август. Директором зоопарка в те годы был Т. Е. Бурделев.

В 1950—1970-е годы зоопарком руководил вернувшийся с Великой Отечественной войны бывший юннат и работник Московского зоопарка Игорь Петрович Сосновский, которого знают по его многочисленным статьям и книгам о животных и зоопарке. Его талант популяризатора привлекал к зоопарку и школьных учителей, приводивших сюда детей на экскурсии, и просто широкую публику. Бывали дни, когда зоопарк посещали до 30 тысяч человек, а за год проводилось до 10 тысяч экскурсий! Короче, просветительская работа была одной из важнейших в деятельности зоопарка. Причем все экскурсии были бесплатными."

"В конце 80-х зоопарк переживал большие материальные трудности, он начал ветшать и разрушаться, были проблемы с кормлением животных. Из террариума, расположенного на втором этаже знаменитого «Острова зверей», лягушки периодически падали на головы живущих на первом этаже амурских тигров – в таком состоянии были перекрытия. Ветлечебница находилась в крохотном домике без необходимых условий. Такое положение было во многих павильонах и службах зоопарка. В итоге уже на закате СССР в зоопарке началась реконструкция, которая продолжилась в 90-е. После этого зоопарк приобрел свой современный облик.