Ему наследовал 9 летний Дмитрий Иванович (Донской). Для алчных бояр великий князь – ребенок был не указ.

В этих условиях у митрополита Алексия оставался единственный путь сохранить за собою митрополичью кафедру – отложить в сторону дела церковные общерусские и вмешаться в светскую политическую борьбу. В этом Алексия поддержал клан киево-чернигово-брянских московских бояр, к которому принадлежал отец митрополита. С их помощью, а также пользуясь своим авторитетом, старец решительно взял власть в княжестве в свои руки, возглавив боярское правительство.

Пребывая управителем дел Московского княжества в течение почти 18 лет, митрополит Алексий проявил себя мастером политической интриги.

Ему удалось добиться в Орде выдачи ярлыка на великое княжение владимирское 12 летнему Дмитрию Ивановичу. Татары же силой выбили из Владимира засевшего там великого князя суздальского Дмитрия Константиновича и отдали город москвичам.

Споры с удельными князьями митрополит решал просто и скоро – при малейшем неповиновении он приказывал затворять церкви и не служить службы на землях строптивцев.

В 1368 г. митрополит затеял одну из самых скандальных в истории средневековой Руси интриг.

Он вызвал к себе в палаты для церковного суда главного врага Москвы тверского великого князя Михаила Александровича. Когда тот явился, положившись на митрополичье слово и крестное целование старца, Алексий повелел бросить Михаила и его бояр в темницу. Уверенные в том, что узникам на волю уже не вырваться, московские бояре бросились делить между собою тверские земли. Но тут неожиданно явился ордынский посол и повелел немедля освободить тверичан! Алексию пришлось повиноваться.

Но тут в свару вмешался опаснейший враг – литовский князь Ольгерд. Осенью 1368 г. литовцы устроили ужасный погром московским землям. Молодой великий князь и митрополит отсиделись за каменными стенами Кремля.

Алексий только и смог, что отлучить от церкви всех, кто участвовал в этом кровавом братоубийственном походе. Правда, здесь он тоже получил неожиданный отпор. Обиженные напрямую обратились к константинопольскому патриарху Филофею с требованием низложить митрополита всея Руси за незаконные отлучения. Константинополь встал было на сторону Алексия, но в конечном итоге для успокоения Литвы вынужден был утвердить окончательное расчленение Русской церкви на три митрополии.

Как бы там ни было, но, по признанию большинства отечественных историков, в начале 1370 х гг., под руководством митрополита Алексия Москва «утвердилась в роли руководящей политической силы Великороссии» (Н.С. Борисов).

В этих условиях Михаил Тверской вознамерился вовлечь в борьбу против московского князя самого сильного на то время деятеля Орды – темника Мамая.