Основав Александ-ро-Невский монастырь, Феодосий фактически отделился от Новгородской епархии, а впоследствии сам занял новгородскую кафедру, перенеся ее с берегов Волхова на берега Невы. Не сидеть же ему в Новгороде, вдали от милостей государя!

Можно с уверенностью сказать, что не было ни одной моральной преграды, через которую не переступил бы Феодосий. Он был в числе ближайших сподвижников Петра I, и его можно было видеть как на торжественных церемониях, так и на попойках знаменитого своим кощунством Всепьянейшего собора. Он сопровождал Петра в заграничной поездке и особенно увивался возле царицы Екатерины; в 1724 году в Москве он вел церемонию ее коронации. Феодосий отпускал государю все тяжкие его грехи, в 1718 году он стоял рядом с ним, когда тот посылал в Петропавловскую крепость надежных людей, чтобы они под покровом ночи задушили его несчастного сына, царевича Алексея. Тем самым архимандрит благославил один из смертных грехов — сыноубийство.

Инквизитор, поклоняющийся кортикуФеодосий был одним из тех, кто стоял у истоков так называемого «синодального» периода истории Русской православной церкви, когда во главе ее в течение двух столетий стоял не патриарх, а Священный синод — коллегиальный орган управления церковными делами, образованный Петром в 1720 году. С той поры Русская православная церковь превратилась в идеологическую контору самодержавия, духовную «обслугу» светской власти. В церковной иерархии Феодосий вытеснил с первого места патриаршего местоблюстителя Стефана Яворского (тоже выходца с Украины) и стал в Синоде первым.

Согласно легенде, кто-то из церковников попросил императора восстановить патриаршество. Но Петр, не терпевший никакой конкуренции своей власти, в ярости выхватил кортик, воткнул его в стол и сказал: «Вот вам патриарх, ему и подчиняйтесь!» Феодосий-то как раз и был одним из послушных слуг царского кортика. Он беспрекословно исполнял волю Петра, внося немыслимые для православных перемены в обряды русской церкви. Он превратил священника в доносчика, обязанного ради интересов государственной безопасности нарушить одно из священных таинств веры — таинство исповеди, если духовный сын, каясь в грехах, признавался в оскорблении чести государя или «злом намерении» против его власти. После этого миллионы русских людей, шедших в церковь на обязательную для верующих исповедь, были поставлены перед страшной альтернативой: солгать своему духовному отцу (и соответственно Богу) и спасти свою жизнь или сказать правду и подвергнуться по доносу священника аресту, пытке, казни. В таком же ужасном положении оказывался и священник, который боялся нарушить закон, предписывающий ему доносить на своих прихожан.

Феодосий был настоящим инквизитором.