В своей деятельности ГКО опирался на аппараты ЦК ВКП(б) и СНК СССР и своих уполномоченных на местах, в роли которых выступали первые секретари рескомов, крайкомов, обкомов и горкомов партии. Рабочими органами ГКО были наркоматы обороны, военно-морского флота, внутренних дел и их главные управления. Кроме того, во всех городах, находящихся в непосредственной близости к фронту, создавались городские комитеты обороны, в состав которых входили первый секретарь горкома и полномочные представители командующих фронтами и местных органов НКВД. Такие местные ГКО действовали в более чем 60 прифронтовых городах и наделялись правом объявлять город на осадном положении, производить мобилизацию и эвакуацию населения, создавать части народного ополчения и истребительные батальоны, давать прямые указания всем предприятиям по выпуску вооружения и боеприпасов, организовывать строительство оборонительных рубежей и т. д.

Тогда же, 30 июня 1941 г. СНК СССР утвердил общий мобилизационный народно-хозяйственный план, предусматривающий перестройку экономики страны на военный лад в кратчайшие сроки. В августе 1941 г. был принят военно-хозяйственный план на последний квартал 1941 г. и на весь 1942 г. в восточных районах СССР, в частности, в Поволжье, на Урале, в Сибири, Казахстане и Средней Азии. Основная программа действий по превращению страны в единый военный лагерь была сформулирована в «Директиве СНК СССР и ЦК ВКН(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей о мобилизации всех сил и средств на разгром фашистских захватчиков», которая была принята еще 29 июня 1941 г. В ней осуждались сохранявшиеся с довоенных времен «благодушно-мирные настроения», непонимание смысла угрозы и всей опасности наступления германских войск. Разъяснялось, что целью нападения фашистской Германии на Советский Союз является не только уничтожение советского общественного строя, но и тотальное ограбление страны, захват ее огромных продовольственных и сырьевых ресурсов, восстановление власти помещиков и капиталистов, что, наконец, в этой войне «решается вопрос о жизни и смерти Советского государства, о том — быть народам Советского Союза свободными или впасть в порабощение». Родина оказалась в величайшей опасности, и «мы должны быстро и решительно перестроить всю свою работу на военный лад».

Эта «Директива» и конкретные шаги по ее реализации со стороны высшего руководства страны сыграли решающую роль в мобилизации всего партийного и государственного аппарата и всех советских людей в перестройке «всей работы на военный лад», поскольку уже к осени 1941 г.