Существует несколько рассказов о рождении и детстве Шанкарачарьи, и во всех описываются странные и сверхъестественные явления. По одной версии, отец мудреца звался Шивагуру. Он был учёным брахманом и, хотя и был женат много лет, не имел детей. В пожилом возрасте он с женой свершил особые обряды и проявил строгий аскетизм перед лингамом бога Шивы. Позднее божество явилось ему во сне или в видении. Шива, тронутый искренностью немолодой уже пары, осведомился, предпочли бы они иметь одного сына, наделённого исключительной мудростью и добродетелью, но с недолгой жизнью, или много сыновей, лишённых таких качеств. Будущие родители решили выбрать героическое воплощение. Поэтому сын у них родился в тот момент, когда планеты и созвездия дарили своё самое мощное влияние.

Другой вариант истории рождения не выходит за рамки традиционной концепции непорочного зачатия. Мать мудреца Висишта совершила поклонение Шива Линге в Керале. Шива в форме своего творящего символа осенил Висишту, и она зачала сына. По этому рассказу Шанкара действительно произошёл от божества. Символизм, косвенно выраженный в обеих легендах, очевиден, ибо в более раннем предании имя его отца было Шивагуру, что означает «учитель секты Шивы». Следовательно, Шанкара был олицетворением или воплощением эзотерической традиции, связанной с культом этого божества. Рассказывают, что Шанкара научился читать в двухлетнем возрасте, а к своему третьему дню рождения стал основательно изучать пураны. Он родился с сильно развитыми интуитивными способностями и даром внутреннего видения. Его мать посвятила себя и своё дитя служению богу и руководила сыном с благоговейной любовью. Шанкара платил ей такой же любовью и несколько чудес совершил только для неё.

Едва выйдя из младенческого возраста, Шанкара начал посещать ведическую школу и овладевать науками своего времени. Он стал саньясином, отказавшись от жизни главы семейства, и присоединился к гуру Говинде, Учителю, чьи учителя происходили от великих Вьяса. Слава молодого мистика росла, пока слухи о нём не достигли царя Кералы. Эта выдающаяся личность явилась со своей свитой, чтобы пригласить Шанкару к царскому двору. Царь тоже хотел иметь сына и верил, в то что Шанкара сможет открыть ему обряды, которые необходимо совершить, чтобы умилостивить божество. Наставления саньясина по этому поводу тайно передаются до сих пор.

Гороскоп Шанкары, указывая на возвышенную судьбу, в то же время предупреждал о ранней смерти. Когда один из риши сказал, что мальчик умрёт в возрасте тридцати двух лет, юноша решил посвятить себя целиком аскетической жизни. В течение некоторого времени он оставался в уединённом жилище Говинды, и Учитель приказал ему совершить паломничество в Бенарес.