С появлением доктрины махаяны выросла и слава Наланды, ставшей к VII веку главным центром тантрическо-буддийского культа, создавшего Наланде репутацию «альма-матер» колдунов, магов и чародеев. Чрезвычайно трудно сегодня точно определить место, занимаемое Наландой в культурной жизни Азии. Большинство имеющих отношение к буддизму исторических произведений подверглись уничтожению в периоды великих религиозных катаклизмов, потрясших индийских буддистов в период между VIII и XII веками христианской веры. Путешественники, посетившие Наланду в годы её величия, были по большей части жрецами, монахами или нищими и не обнаруживали склонности к критическому анализу светской истории.

В XII веке мусульмане разрушили университет, убили всех монахов, каких только сумели найти, сровняли с землёй дома и постройки и сожгли огромное собрание книг. Те профессора из духовенства, которым удалось спастись, нашли убежище в Тибете, Непале или на Цейлоне. Рядовых сторонников этой веры частично приняла в свои ряды секта джайнов, кто-то из них, обратившись в другую веру, стал поклоняться Вишну, а были и такие, кого просто подавили или уничтожили почитатели Шивы. Власть буддистов в Индии продолжалась около тысячи лет[64].

Следует заметить, что время между VII и XII столетиями, когда Наланда достигла вершины своего величия и славы, совпадает с периодом наибольшей отсталости в европейской истории, а значит, не будет преувеличением утверждать, что Наланда была самым выдающимся из существовавших в то время центром культуры и образования, причём не только главным центром буддийской науки, но и поистине великим университетом, где около трёх тысяч живущих при нём монахов преподавали гуманитарные и естественные науки, религию, богословие и знания по светским профессиям.

В курс обучения были также включены медицина, право, астрономия и философия. Преподаватели-священники вели обучение сравнительной религии, древним языкам и даже магическим обрядам, ритуалам и формулам. Сообщается, что в какое-то время христианство в Наланде преподавали как одно из современных вероисповеданий.

В своих трудах китайский путешественник И Цзин подробно описывает многие здания и памятники в Наланде. Главное прямоугольное строение состояло из восьми больших лекционных залов, или храмов, каждый высотой в три этажа.

Пышно украшенные здания были построены из кирпича с выложенным из камня орнаментом. Кирпичом была вымощена и вся территория снаружи, а полы в разных комнатах залиты отполированным до блеска цементом, практически не поддающимся разрушению. Плоские крыши зданий оказывались вполне пригодными для использования в качестве площадок для прогулок и собраний. Весь университетский комплекс окружала высокая стена.