Ученый не только пользовался благосклонностью правителя, но и сам играл довольно значительную роль в политической жизни страны, причем выполнял и дипломатические поручения, требующие при исполнении особой тонкости.

Другие ученые также не польстились на обещания султана и под тем или иным предлогом отказывались от его милостей. Это стало раздражать султана Махмуда, и он потребовал, чтобы хорезмшах прислал ему ученых из Ургенча, дабы он «тоже имел честь воспользоваться их беседой». Но реальную пользу от поэтов правитель Газни видел только тогда, когда они воспевали его подвиги; ученых признавал, если они служили этой же цели… Аль-Бируни не захотел оставить своего правителя в беде, но хорезмшах Мамун вскоре погиб, и султан Махмуд двинул свое огромное войско на Хорезм.

Богатая событиями жизнь аль-Бируни впоследствии поражала своей необычностью и давала повод к возникновению многочисленных легенд, например, об обстоятельствах его переезда в Газни Добровольно ли он отправился в столицу султана Махмуда в поисках хорошего заработка или насильственно был уведен туда под стражей и в кандалах, как опасный преступник? Большинство исследователей склоняется ко второй версии: когда в 1017 году столица хорезмийского княжества была разрушена, великий ученый попал в плен и «в качестве пленника-заложника он вместе с другими видными хорезмийцами был отведен в Газну» и был даже там посажен в тюрьму.

Индийский востоковед С. Барани считает, что в Джайпуре великий аль-Бируни находился в качестве узника — под стражей. A. M. Беленицкий отмечает следующее:"

"Одно время жизнь Бируни висела на волоске. Вероятно, то обстоятельство, что он был автором сочинения по истории карматства, послужило предлогом для обвинения его в неверии и принадлежности этому движению. Махмудом был отдан приказ о казни Бируни и другого близкого к нему ученого из Хорезма — Абд ас-Самада Луваля. Лишь благодаря заступничеству визиря… жизнь Бируни была спасена. Абд ас-Самад же был казнен.

П. Г. Булгаков, исследователь жизни и творчества аль-Бируни, считает, что если эти сведения и не отражают реальных фактов, то все равно имеют косвенные фольклорные свидетельства о недружелюбном отношении к ученому в Газни.

Сам аль-Бируни нигде не сообщает об обстоятельствах перемены своего местожительства, но анализ его трудов говорит о подневольном переезде. Правда, некоторые ученые считают, что и в этом случае не надо сгущать краски о кандалах, вооруженной страже, тюрьме и т. д.