Однако выступление Боэция только подтвердило подозрения Теодориха в измене подданных, и Киприан после заявления Боэция, «немного поколебавшись», распространил свое обвинение и на него, представив лжесвидетелей. Обоих обвинили в желании восстановить утраченное единство Римской империи и освободить ее от готов. Боэция обвинили еще в оскорблении святынь и даже в занятиях философией, которые и привели его к государственной измене. За философа ходатайствовал только один римлянин — его тесть Симмах, но другие сенаторы побоялись выступить против короля, поддержали выдвинутые против Боэция и Альбина обвинения, и тех взяли под стражу.

Из Вероны философа отправили в заключение в город Тичин (современная Павия). Несколько месяцев перед казнью Боэций провел в крепости Кальвенцано, где и написал свое знаменитое сочинение «Об утешении философией». Высшую истину Боэций ищет за пределами земного существования — в сфере совершенного бытия, от которого все сущее находится в прямой зависимости и которое в то же время является высшим и абсолютным благом.

Две первые книги «Об утешении философией» носят характер исповеди. Прозаический текст написан в форме диалога между узником и философией: все сочинение насыщено художественными образами, автор часто обращается к античной мифологии (например, к образу страдающего Орфея, исторгавшего своими песнями слезы даже у камней).

Основная тема сочинения — вечное противоборство и неразрывность судьбы и мудрости, тайну которых пытались постичь многие ученые в разные исторические эпохи. В блеске своей земной славы Боэций слыл образованнейшим и умнейшим человеком, перед лицом смерти он показал себя мудрецом. В величайших страданиях он не стал взывать о пощаде ни к земному правителю Теодориху, ни к владыке небесному — Иисусу Христу, о котором он даже не упоминает в своем сочинении, как не ссылается и на Священное Писание.

Это было необычно, так как христианство уже два века являлось господствующей религией. Утешительницей Боэция становится Философия, которая заново проводит узника по лабиринтам его судьбы, сопрягая ее с судьбой мира и вечностью.