, в эпоху Римской империи, Милет снова занял свое место посредника в торговых связях государств Средиземноморья. Упадок города связан с византийским периодом истории. Во времена Византийской империи в Милете родился архитектор Исидор, построивший храм Святой Софии в Константинополе.

В IX в. Милет постигла та же судьба, что и Эфес. В связи с изменением береговой линии, порт оказался в нескольких километрах от моря. К моменту создания Оттоманской империи Милет был уже полностью заброшен.

В 1328 г. он попал под власть сельджуков, и на его месте осталась лишь бедная деревушка Палатия.

Раскопки на территории Милета начались на рубеже XIX и XX вв. Их проводил немецкий археолог Теодор Виганд. После войны работы в районе Милета продолжил Вернер Мюллер-Винер. В период первой археологической экспедиции была обнаружена часть города, построенная после разрушений 494 г. до н. э. В дальнейшем были открыты постройки времен Римской империи. Раскопки Милета начались в 1890-х гг., но пока удалось очистить только третью часть всего города.

Римский театр, вмещавший 15 тыс. человек, был построен во II в. н. э. на склоне единственного в городе холма на фундаменте более древнего греческого театра. Диаметр амфитеатра составляет 140 м, а высота — 30 м. На вершине холма над театром сохранились руины византийского замка (VIII в.). Оттуда открывается прекрасный вид на весь город, а также виднеющийся на западе за каналом холм — бывший остров Ладе.

Спускаясь по склону холма в сторону центра города, проходим мимо эллинистических гробниц и круглого основания, на котором стоял памятник, поставленный в ознаменование победы в морском сражении I в. до н. э. В то давнее время он стоял на берегу одной из четырех окружавших Милет бухт. По найденным на берегу двум каменным львам эту бухту называют «Львиный залив».

На берегу бухты построена колоннада, ведущая на восток к храму, посвященному Аполлону Дельфийскому, покровителю мореплавателей, судов и портов. Святилище Аполлона Дельфийского было основным местом поклонения паломников в Милете. Его построили еще в древние времена, а в эпоху эллинизма оно было реконструировано в дорическом стиле; в римский период портики переделали на коринфские. От него начиналась «Священная дорога», ведущая к храму Аполлона в Дидиме.

К югу от храма находится частично восстановленная Ионийская стоя (I в. н. э.), бани Капито (Capito) и гимнасий (I в. н. э.).

К востоку от «Священной дороги» был сооружен крупнейший в Милете фонтан, а к югу от него лежат руины византийской церкви (VI в.).

К западу от этой дороги все пространство до берега бухты занимала северная Агора. На ее южной окраине находится Булевтерий, воздвигнутый, по всей вероятности, при Антиохе Эпифании, сирийском царе (2-я половина II в. н. э.