Лукшин и П.И.Ивашутин — и определена структура центрального аппарата КГБ СССР, костяк которого составили Первое Главное управление (разведка), которое возглавил кадровый разведчик генерал-майор Александр Семёнович Панюшкин; Второе Главное управление (контрразведка), главой которого стал кадровый чекист генерал-лейтенант Павел Васильевич Федотов; Третье Главное управление (военная контрразведка), руководителем которого был назначен кадровый армейский политработник генерал-лейтенант Дмитрий Сергеевич Леонов; Четвёртое управление (секретно-политическое для борьбы с антисоветским подпольем), которое возглавил кадровый чекист генерал-лейтенант Фёдор Петрович Харитонов; Пятое управление (контрразведка на особо важных объектах), во главе которого встал тоже кадровый чекист генерал-лейтенант Пётр Иванович Ивашутин; Шестое управление (контрразведка на транспорте), начальником которого стал кадровый партработник полковник Михаил Иванович Егоров; Седьмое управление (наружное наблюдение), которое возглавил кадровый чекист генерал-майор Георгий Прокопьевич Добрынин; Восьмое Главное управление (шифровально-дешифровальное), главой которого был назначен кадровый партийный работник генерал-майор Василий Андреевич Лукшин; Девятое управление (охрана высших руководителей партии и правительства), начальником которого стал кадровый партийный работник, проработавший несколько лет в хрущёвском МГК партии генерал-майор Владимир Иванович Устинов, и Десятое управление (Комендатура Московского Кремля), главой которого был переназначен бывший командир армейского корпуса генерал-лейтенант Андрей Яковлевич Веденин.

Одновременно Н.С.Хрущёв инициировал новый погром «бериевских» кадров, жертвой которого стали многие кадровые чекисты, обладавшие огромным опытом работы.

Если во второй половине 1953 года, в период первой чистки, из органов были изгнаны, а затем частично арестованы генерал-лейтенант Б.П.Обручников, генерал-лейтенант П.А. Судоплатов, генерал-майор Н.И.Эйтин-гон, генерал-майор С.Ф.Емельянов, генерал-майор А.Ф.Ручкин и другие, то на сей раз чистка коснулась бывших руководителей МГБ и ПГУ, многих из которых не только уволили из органов, но и лишили генеральских званий и боевых наград — генерал-лейтенанта Н. С.Сазыкина, генерал-лейтенанта А.С.Блинова, генерал-лейтенанта И.И.Врадия, генерал-майора С.Е.Белолипецкого, генерал-майора Г.Б. Овакимяна и других. Более того, опасаясь возможного ареста, 16 апреля 1954 года застрелился выдающийся советский полководец, который в годы войны командовал войсками Северо-Кавказского и 3-го Прибалтийского фронтов и нескольких общевойсковых армий, заместитель главы МВД СССР по войскам генерал армии Иван Иванович Масленников.