Между тем впервые сама идея этой реформы была предложена Н.С.Хрущёвым ещё в начале сентября 1962 года в его очередной записке, направленной своим коллегам по Президиуму ЦК. Суть новой хрущёвской инновации состояла в коренной перестройке всей и уже давно существовавшей системы партийного руководства и в полном переходе с традиционного территориально-производственного принципа построения ряда управленческих партийных структур, а именно райкомов, обкомов, крайкомов и рескомов, на сугубо производственной принцип. В соответствии с решением ноябрьского Пленума ЦК, единогласно принявшего Постановление «О развитии экономики СССР и перестройке партийного руководства народным хозяйством»[877], на всей территории страны де-факто создавалась абсолютно неуправляемая и во многом конфликтная система «двоевластия», поскольку отныне все областные и краевые партийные комитеты разделялись на два обкома (крайкома) — по промышленности и по сельскому хозяйству. Но при этом все Бюро прежних (единых) обкомов и крайкомов партии оставались неделимыми. Кстати, классическим примером такого «двоевластия» и конфликтности двух первых секретарей стал Ростовский обком партии, где постоянно шли распри и склоки между «промышленным секретарём» Георгием Дмитриевичем Нероновым и «аграрным секретарём» Владимир Владимирович Скрябиным[878].

Эта поспешная перестройка всей системы управления в стране сразу вызвала массу проблем, многие из которых носили не только управленческий характер, но и характер личного соперничества двух первых и отраслевых секретарей в областях, краях или автономных республиках. К тому же, кроме двух новых обкомов и крайкомов партии в каждой области (крае, республике), создавались и по два облисполкома, в результате чего во всех регионах страны появились два областных или краевых здравотдела, два отдела народного образования, два управления милиции, два финансовых отдела, два отдела культуры и т. д.

Кроме того, серьёзно усложнилось управление на уровне союзных республик, где в республиканских ЦК создавались два Бюро ЦК — по промышленности и по сельскому хозяйству. И ещё более значительно запуталась вся система управления на районном уровне. В первоначальном замысле планировалось ликвидировать все городские и районные партийные комитеты и заменить их новыми парткомами колхозно-совхозных и промышленно-производственных управлений. Однако затем эту систему несколько «подновили», и на районном уровне, кроме райкомов партии по сельскому хозяйству, стали действовать новые «зональные» промышленные райкомы, расположенные чаще всего в ином населённом пункте, чем сельский райком партии.