А настоятеля монастыря Тихона Шевкунова стали называть духовником Путина и одним из самых влиятельных российских церковных иерархов, тесно общающихся с руководителями спецслужб, в первую очередь с директором ФСБ Николаем Патрушевым. Еще более популярным и влиятельным иерархом РПЦ был митрополит Кирилл — глава отдела внешних церковных связей, т. е. министр иностранных дел РПЦ.

Сам патриарх Алексий при этом сблизиться с Путиным не стремился — по словам Пугачева, он не любил «комитетчиков» и не хотел иметь с ними ничего общего. Однако многие другие церковные иерархи вели себя иначе и проявляли большую активность, чтобы доказать государству свою нужность.

Пугачев уверяет, что увлечение Путина церковью было вполне рациональным: православие казалось президенту безупречной национальной идеей, сплачивающей народ лучше любых политических партий. Ведь, согласно опросам, 80 % россиян не понимают ничего в православии, не читали Библию и другие религиозные тексты, но считают себя православными.

Уже с первого срока Владимир Путин стал активнее участвовать в церковной политике.

В 2003 году он в ходе визита в Нью-Йорк инициировал переговоры между РПЦ и отколовшейся от нее в 1917 году Русской православной церковью за границей. Одним из вдохновителей этих переговоров был Тихон Шевкунов, который сопровождал президента. В 2007 году, за год до окончания второго президентского срока, переговоры завершились объединением церквей: процесс напрямую организовывала администрация президента, так как Путин считал, что он таким образом вписывает свое имя в историю.

А за несколько месяцев до окончания второго президентского срока Владимира Путина государственный телеканал (который сегодня называется «Россия 1») показал фильм «Гибель империи. Византийский урок», снятый Тихоном Шевкуновым. Фильм был исполнен в жанре антизападнического манифеста. Духовник директора ФСБ Николая Патрушева (и, возможно, президента) предостерегал телезрителей и власть от увлечения реформами и сближения с Западом. Сильно искаженная автором история Византии (в которой угадывалась Россия) выглядела так: великая и богатая империя погибла из-за того, что против нее интриговал Запад, византийские олигархи разграбили национальные богатства и вывезли их на Запад, реформированная армия стала слабой, в самой Византии возникли сторонники Запада, соблазнившиеся его духом порока, потребительства и индивидуализма.

Это был все тот же традиционный конспирологический набор, любимый силовиками, в том числе Патрушевым.

Ситуация стала меняться в 2008 году после смерти патриарха Алексия.