Функции нового ведомства не претерпели никаких изменений: «а) ведение разведывательной работы за границей; б) борьба с подрывной, шпионской диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок внутри СССР (за исключением частей и учреждений Красной Армии и Военно-Морского Флота и войск НКВД); в) борьба со всякого рода антисоветскими элементами и проявлениями среди различных слоев населения СССР, в системе промышленности, транспорта, связи, сельского хозяйства и проч.; г) охрана руководящих кадров партии и правительства».

Легко заметить, что по сравнению с аналогичным постановлением от 3 февраля 1941 г. отсутствовало, что являлось более чем существенным, малейшее упоминание о «ликвидации остатков всяких антисоветских партий и контрреволюционных формирований». Такая проблема оказалась в далеком прошлом, была предана забвению как утратившая и актуальность, и значимость. Зато появилась новая задача, порожденная конкретной ситуацией военного времени: «организация диверсий и работа в тылу противника».

Но все же самое главное отличие НКГБ 1941 и 1943 гг.

заключалось в ином. Воссозданному Наркомату госбезопасности отныне категорически воспрещалось вмешиваться в деятельность армии и флота, заводить дела на военнослужащих. Ведавшее прежде этими вопросами Управление особых отделов другим решением, уже ГКО, что было далеко не случайным, выводилось из-под контроля Берия и преобразовывалось в структурную часть НКО — Главное управление военной контрразведки («СМЕРШ»). Его начальник B.C. Абакумов вместе с тем получил и должность заместителя наркома обороны, становился прямым подчиненным одного Сталина, отныне исполнял только его приказы и указания.

Подобные акции, как уже проведенные, так и еще готовившиеся, послужили Сталину веским и тщательно продуманным основанием для кардинального изменения руководства НКО. Опираясь на двухлетний совместный опыт работы, более близкое, нежели раньше, знакомство с генералитетом, с учетом их достоинств и недостатков, способностей и профессиональных знаний, он сделал окончательный выбор — до предела упростил организацию своего наркомата.

Постановление ГКО, принятое 20 мая, было сформулировано следующим образом:

«В начале войны, когда Наркомат обороны перестраивался применительно к нуждам войны и когда во главе управлений и родов войск НКО были выдвинуты новые руководители, авторитет которых необходимо было поднять путем назначения их заместителями наркома, — было вполне понятно назначение начальников главных управлений и командующих родов войск заместителями наркома.