29 сентября 1918 года Кизеветтер был арестован и доставлен на Лубянку; затем его перевели в Бутырскую тюрьму, где он провел около трех месяцев, так и не дождавшись предъявления обвинения. Помогли студенты. 4 января 1919 года совет старост Московского университета направил В. И. Ленину телеграмму следующего содержания:

Кизеветтер, чтобы как-то просуществовать и содержать семью, был вынужден подрабатывать, где только мог. Он пошел служить в архив бывшего Министерства иностранных дел, преподавал, кроме Московского университета, на Драматических курсах Малого театра, ездил с лекциями по стране от культурно-просветительского отдела Союза кооперативных объединений; как правило, лекторам платили на местах «натурой» — в одном из своих мемуарных очерков Кизеветтер с юмором описывал, каких трудов стоило доставить заработанные продукты в Москву. Власть, борясь со «спекуляцией», запрещала провозить продовольствие в голодный город!

Третий раз Кизеветтера арестовали в 1921 году в Иваново-Вознесенске, где он читал лекции в эвакуированном туда Рижском политехникуме. Историка доставили в Москву и через месяц, так и не предъявив обвинения, выпустили.

В августе 1922 года Кизеветтер был подвергнут краткому домашнему аресту. «Придержать» его дома властям нужно было для того, чтобы он находился под рукой для предъявления постановления о высылке из пределов Советской России. Кизеветтера включили в большую группу известных интеллектуалов, которых большевистское руководство не хотело по внешнеполитическим соображениям подвергать более суровым репрессиям, но и терпеть их свободомыслие не собиралось. 28 сентября 1922 года Кизеветтер с семьей отплыл из Петрограда на немецком пароходе в Германию.

В Россию ему уже не было суждено вернуться.

Возможность профессионально реализоваться и «помогать русской молодежи» Кизеветтер получил в Праге, куда прибыл 1 января 1923 года. Прага в 1920-е — первой половине 1930-х годов была признанным академическим центром Русского зарубежья. В 1922 году президент Чехословакии Томаш Масарик и чешское правительство предприняли так называемую Русскую акцию. Суть ее заключалась, во-первых, в том, чтобы помочь ученым-беженцам, во-вторых, обеспечить подготовку специалистов для будущей, очищенной от большевизма, России. В рамках Русской акции был создан Русский университет с двумя факультетами — юридическим и гуманитарным; существовал также Народный университет для тех, кто не мог посещать лекции в дневное время; Русский научный институт в Праге фактически выполнял функции Академии наук Русского зарубежья; действовал также ряд других научных учреждений — Экономический кабинет, Семинар византиниста Н. П. Кондакова и др.