Они оцепили его хижину и в среду, 3 апреля 1996 года, спецагент Дональд Сахтельбен и адвокат департамента юстиции получили у федерального судьи в Хелене ордер на арест и обыск. Они сразу помчались за двадцать миль оттуда в Линкольн. Вместе с другими агентами Сахтельбен подошел к хижине и постучался в дверь. Когда Качински открыл, они его обезвредили. Команда саперов обыскала крошечную, но забитую вещами хижину, чтобы убедиться, что она не заминирована.

Потребовалось несколько дней, чтобы полностью обыскать ее и запротоколировать находки. Среди улик, обнаруженных агентами, были блокноты с подробными схемами взрывных устройств, записки от руки с описанием химических компонентов для взрывчатых смесей, протоколы предыдущих экспериментов, трубки для трубчатых бомб, контейнеры со взрывчатыми смесями, батарейки и провода, полный набор инструментов, черновики манифеста, печатная машинка и другие улики, указывающие на Качински как Унабомбера. У него также была наполовину готовая трубчатая бомба и список потенциальных мишеней. Это притом, что он обещал больше никого не взрывать, если его манифест опубликуют.

Качински доставили в тюрьму в Сакраменто, Калифорния, штат, где он убил Скраттона и Мюррея, и посадили в одиночную камеру. В ходе расследования, прояснив его перемещения за прошедшие годы, детективам удалось связать Качински с еще несколькими эпизодами. Материалы дела прибавлялись; эмоциональные триггеры прояснялись. И все это время Тед отказывался общаться с Дэвидом или матерью.

Теодор Качински оказался практически таким, каким мы его себе представляли, только умнее. Он был тихим, застенчивым ребенком. Никогда не имел отношений с женщинами. Отучился в Гарварде и начал многообещающую карьеру профессором математики в Беркли. А потом, в определенный момент, не справился со стрессами повседневной жизни и все бросил.

Если сравнить Тедора Качински с кем-то вроде Тимоти Маквея или Джозефа Пола Франклина, мы увидим, что это человек из совсем другой среды и с другими интеллектуальными способностями, но с теми же эмоциональными проблемами. Это помогает объяснить, почему каждый из них совершал жестокие преступления террористического типа, но разными способами. Все были одиночками и асоциальными типами в период взросления. Ни у Теда, ни у Тима не было девушки. Обоих совсем не запомнили в школе. Теда не запомнили даже в Гарварде. После ареста многие его одноклассники ломали голову, гадая, учился он с ними или нет.

Франклин и Маквей нашли утешение и ощущение собственного превосходства в оружии; Качински, как Муди, в бомбах.