Когда насланный Энлилем мор стал губить людей, Атрахасис обратился к Энки:

Энки, бог воды посоветовал собрать старейшин города и всем вместе принести жертву из печеных хлебов и отборного кунжута богу смерти Намтару, который в таком случае «устыдится пред даром, удержит руку».

Атрахасис послушался совета и, довольный жертвой Намтар, отвел от людей чуму и язву.

Прошло еще двенадцать столетий, и Энлилю снова стал досаждать шум, доносившийся с земли, Энлиль решил устроить на земле небывалую засуху:

Последняя угроза была хорошо понятна вавилонянам: засоление почвы было распространенным бедствием, уничтожавшим во II тысячелетии до н. э. плодородие целых областей.

Остальные боги поддержали намерение Энлиля уменьшить количество людей при помощи засухи и голода. Они заперли дожди на небе, перекрыли подземные воды, а бога Энки приставили сторожить «врата океана», взяв с него клятву, что он не допустит на землю ни капли воды.

Так прошло три года, и еще три, а засуха все не кончалась. «Людям недоставало жизни», они начали пожирать друг друга.

Мудрый Атрахасис каждый день приходил к храму Энки, «перед храмом сидел и плакал» и молил о каком-нибудь знамении. Энки, связанный клятвой, долго не откликался на мольбы, но в конце концов явился Атрахасису во сне и посоветовал принести жертву богу дождя и грома Ададу.

Разгневанный Энлиль стал упрекать Энки в нарушении клятвы:

Но Энки сказал, что во всем виноваты рыбы и разные морские твари; они сломали замок на вратах океана — и допустили воду на землю.

Собственная шутка рассмешила Энки:

Энлиль впал в страшный гнев и поклялся, что, несмотря на противодействие Энки, истребит род людской до последнего человека, устроив на земле Великий потоп. Боги взялись помогать ему, один Энки отказался:

Не имея возможности спасти все человечество, он решил спасти хотя бы одного Атрахасиса. Энки приказал Атрахасису: «Разрушь свой дом, корабль выстрой! Презри богатство, спасай душу!» Растерянный Атрахасис ответил, что никогда не строил кораблей и не знает, как это делается. Тогда Энки начертил на земле чертеж корабля, и Атрахасис принялся за дело.

Соседям он сказал, что собирается покинуть город, поскольку не разделяет общепринятого поклонения Энлилю, а предпочитает ему Энки.

Соседи помогли Атрахасису в его работе, и вскоре постройка корабля была завершена.

День, назначенный богами для начала потопа, приближался. Энки дал Атрахасису последние указания:

Атрахасис устроил прощальный пир. Гости веселились, ели яства и пили напитки, не ведая, что их ожидает скорая гибель. Знал об этом лишь Атрахасис.

Пир еще не закончился, когда «день начал менять лики». Небо потемнело, загремел гром.