В ходе контактов со стрельцами Софья сближается с одним из полковников — князем И. А. Хованским.

Бунт начался 15 мая 1682 года, когда стрельцы вместе с толпой ворвались в Кремль, потребовав предъявить притеснённого Ивана. А. Матвеев решил успокоить страсти, выведя обоих царевичей к народу. Однако всё испортил глава Стрелецкого приказа Ю. М. Долгорукий, в жёсткой форме потребовавший всех покинуть Кремль. После чего разъярённые люди накинулись на сановников. На глазах юного Петра растерзали его родственников, бояр А. Матвеева, Г. Г. Ромодановского, Ю. М. Долгорукого с сыном, И.

 М. Языкова, нескольких высокопоставленных иностранцев и других. После этой кровавой бойни Пётр всю жизнь страдал нервными конвульсиями. Толпы в течение трёх дней рыскали по Кремлю, выискивая изменников. Патриарх Иоаким пытался их успокоить, но на него не обращали внимания.

Итог — провозглашение царями и Ивана, и Петра, а Софью — правительницей при них. Власть перешла к Милославским, старейший из них, И. М. Милославский, возглавил сразу ряд ключевых приказов (Пушкарский, Иноземный и другие), но продержался всего несколько дней, поскольку бенефициарами бунта стали также и Хованские.

Отец получил Стрелецкий, а сын — Судный и Сыскной приказ. Таким образом, неожиданно образовалась партия, говоря современным языком, силовиков. Именно Хованские из-за какой-то ссоры настояли на отставке И. М. Милославского, и тот даже бежал из Москвы, прячась от них по подмосковным имениям. Для всех становилось ясным, что силовики превращаются в грозную силу.

Помимо перестановок в верхах, бунт буквально внёс в текущую политическую повестку вопрос о религиозном расколе.

Как свидетельствовали документы, повсюду вспыхнула агитация за старую веру, все её противники и гонители умолкли, тех, кто подавал голос за никониан, подвергали избиению. Раздавались требования отказаться от религиозных новин, не ходить в эту «церковь». В такой обстановке под давлением снизу правительство и патриарх Иоаким были вынуждены согласиться с публичным состязанием о вере. Старообрядческие настроения выражали шесть начитанных раскольников, именуемых официозом «злой шестерицей». Во главе её стоял Никита Добрынин из Суздаля, прозванный никонианами Пустосвятом, а также раскольники из Подмосковья, Олонецкого края.

Власти всячески оттягивали публичный спор, открывали винные погреба, чтобы отвлечь часть народа. Патриарх Иоаким предложил вместо прений о вере устроить испытание иначе. Положить в раку святого митрополита Петра старые и новые книги, запечатав Успенский собор Кремля. Пусть святой чудотворец «явит» своё отношение к тем или иным текстам, оставив те, которые ему угодны, а кои противны — выбросит из раки.