Основанием для подобных обвинений послужила осада эллинистического города Птолемаида (Акко), представлявшего тогда мощную крепость-порт на средиземноморском побережье. Оказавшись не в состоянии противостоять войскам Янная, жители города обратились за помощью к Птолемею Латуру, властвовавшему над Кипром и имевшему сильные армию и флот. Птолемей высадился с большими силами в Иудее и нанес большой урон армии Янная. В свою очередь, Яннай, пользуясь враждой внутри династии Птолемеев, заключил союз с матерью Птолемея – Клеопатрой III, правившей тогда Египтом, и пригласил ее армию воевать вместе с ним против ее взбунтовавшегося сына. В конечном счете и жители Птолемаиды, и иудейский царь горько пожалели, что связались с Птолемеями. Птолемей Латур, вместо того чтобы защищать призвавший его на помощь город, сам взял его штурмом и разграбил. Что касается его матери, Клеопатры III, то и она, приглашенная в качестве союзницы, решила захватить Иудею. Войну между «союзниками» предотвратило лишь предупреждение египетских евреев: они командовали армией птолемеевского Египта и составляли ее элитные части, являвшиеся опорой Клеопатры. Только опасения потерять поддержку преданных ей иудейских воинов заставили египетскую царицу отказаться от своих вероломных планов.

Между тем нараставшая конфронтация между фарисеями и Александром Яннаем в конечном счете привела к гражданской войне в Иудее, которая продолжалась не менее шести лет (94–88 гг. до н. э.). Поводом к восстанию против царя послужил его неудачный поход против набатейцев (потомков мидьянитян – западносемитских кочевых племен). Вероятно, к сторонникам фарисеев присоединилась часть как иудейской аристократии, так и храмовых священников, не признававших прав Хасмонеев на царский престол и первосвященство. В ходе братоубийственной войны погибло не менее 50 тысяч иудеев. Ненависть фарисеев к Яннаю была столь велика, что, «когда тот спросил, как умилостивить народ, ему ответили: “Умереть, хотя и смерть после таких злодейств едва ли сможет примирить!” Столкнувшись с невозможностью одолеть Янная своими силами, фарисеи и их сторонники пошли на опрометчивый шаг: они призвали на помощь селевкидского царя Деметрия III Эвкера. Тот, «в надежде на более отдаленные последствия, охотно откликнулся на зов и явился со своим войском» (Флавий, Иуд. война, I, 4, 4). Решающее сражение между армией Янная, с одной стороны, и объединенными силами греко-сирийцев и иудеев – с другой произошло в районе города Шхем (Сихем) в Самарии. Войско Янная, в численном отношении в два раза уступавшее своим противникам, проиграло битву и вместе с царем укрылось в горах Эфраима. Однако и победителям не пришлось торжествовать победу.