Злоупотребления этих бояр и ряд других причин вызвали восстание, которое послужило молодому самодержцу серьезным предупреждением. Удалив от себя Морозова и Милославского, он начал, как потом и его сын, приближать «худородных любимцев», давая им тайно от бояр ответственные поручения.

Семена, любовно пророщенные Бухвостовым, упали на плодородную почву. Царь принял его дело в свои руки и вскоре создал одно из самых таинственных, загадочных и страшных учреждений России XVII века — Приказ тайных дел. Молодой самодержец любил составлять «тайные азбуки» и преуспел в этом так, что многие бумаги, написанные изобретенными им шифрами, не могут прочесть до сего времени, поскольку ключ к ним утерян. Одну такую «азбуку» он еще в январе 1655 года через преданных людей прислал своему ближайшему советнику Артамону Матвееву и наказал «держать ее скрытно для тайных дел».

Особо важные распоряжения он отдавал устно, с глазу на глаз, а если тайный указ облекался в письменную форму, его имел право читать только тот, кому он адресован. Прочитав грамоту, полученную из Тайного приказа, адресат обязан был ее тут же вернуть или сжечь в присутствии гонца. Если адресата не оказывалось на месте, посланец привозил грамоту обратно нераспечатанной.

Его умению хранить секреты могли бы позавидовать многие современники. Выполнив поручение, подьячие Приказа тайных дел должны были немедленно донести об этом царю. Если донесение излагалось на бумаге, они не смели касаться в нем сущности дела, а писали так: «Что, по твоему, великого государя, указу велено мне, холопу твоему, учинить, и то, государь, учинено же!» Попробуй пойми, что они там учинили! Но кое-что все же дошло до нас. Вот выдержка из наставления одному из доверенных лиц, отправленному с посольством: «Расспросить про все и разведати всякими мерами подлинно: какова их земля и сколь просторна, на скольких верстах, и сколько в ней городов, и сколь людна и каковы в ней люди».

Расходы Приказа тайных дел оформлялись так, чтобы никто не мог узнать, на что именно истрачены деньги. «Выдать такую-то сумму такому-то подьячему», — указывал царь, а на расписке в получении делалась пометка: «В расходный стол по указу тех денег писать не велено». Для выполнения поручений выезжали, не мешкая, в любое время года и суток.

— Чтоб без московской волокиты! — сердито покрикивал Алексей Михайлович.

Когда возникала нужда доставить особо важное, секретное письмо иностранному правителю, своему послу или воеводе, царь наряжал для этого не обычных гонцов, а подьячего Приказа тайных дел.