Быстро сделавшись чиновником особых поручений по сельским делам при министре, Иван Иванович заставил говорить о себе чиновный мир. И в 1906 году был назначен губернатором самой большой в империи Якутской области. И самой малозаселенной. Площадь три с половиной миллиона квадратных верст, а населения всего двести шестьдесят тысяч. Из которого 93 % – инородцы.

Крафт оказался хорошо подготовлен к новой должности. Новый администратор сделал для улучшения дел едва ли не больше, чем все предыдущие губернаторы вместе взятые. Вернее сказать, он продолжил дело своих выдающихся предшественников Светлицкого и Скрыпицина.

Иван Иванович открыл в Якутске сельскохозяйственные курсы со складом техники и удобрений. Помогал коренным народам перейти от полуголодного кочевого образа жизни к оседлому – в трех южных округах это было возможно. Поощрял развитие потребительских кооперативов. Инициировал ограничения по охоте, защищая животный мир от хищнического истребления. Способствовал развитию судоходства по Лене и Колыме, много занимался развитием столь необходимых краю дорог. Улучшил работу хлебных и рыбных магазинов для населения[34]. В Якутске появились электростанция, телефон, кинематографы, сквер с фонтаном, городской банк, а музей и библиотека переехали в каменное здание (Крафт дал на его строительство 1500 рублей из собственных средств). Были отреставрированы башни старого острога на Соборной площади. По всей области открывались новые начальные школы: за время его правления их количество увеличилось вдвое! Были выстроены в камне реальное училище и женская гимназия. Для обучения детей из небогатых семейств Крафт организовал свыше 60 стипендий. Открыл «Общество попечения о народном образовании». В Якутии в три раза увеличилась протяженность телеграфных линий. Крафт стал принимать на службу якутов с представлением их к классным чинам. И улучшил условия содержания для политических ссыльных. Вместо того чтобы разослать их по дальним улусам, он разрешил им селиться в Якутске, где кое-как, но можно было жить…

Такая деятельность не понравилась иркутскому генерал-губернатору Селиванову, известному любителю закручивать гайки. Селиванов принялся строчить на подчиненного доносы в столицу.

Вице-директор департамента общих дел МВД Палеолог, приятель Лыкова, показывал ему эти доносы. Сто двадцать административно-ссыльных шляются по Якутску, вместо того чтобы погибать от холода возле Ледовитого океана! Куда дело годится?

Не довольствуясь ябедами, Селиванов прислал в Якутск двух подполковников, которые три месяца ходили по крохотному городу и собирали о губернаторе сплетни. Что, естественно, подрывало его авторитет среди чиновничества и населения.